En la siguiente temporada, el club consigue traer de vuelta a David Pizarro y a Carlos Muñoz, a pesar de esto, el equipo no consiguió superar la primera ronda de la Copa Sudamericana, a pesar de la mala campañan internacional, el club logró ubicarse en la 8.ª posición del Apertura 2015, semestre que culminó con el finiquito de Emiliano Astorga y un incidente entre las hinchadas de Santiago Wanderers y Colo-Colo, en el siguiente semestre, el club logra la 6.ª posición del Clausura 2016, semestre en el que el decano fue dirigido por Alfredo Arias, logrando ingresar a la liguilla pre-sudamericana, en la cual fue eliminado por O’Higgins en la final con un marcador global de 1-0. En la siguiente temporada el club se muestra muy irregular y estuvo al borde del descenso, además se vio en una profunda crisis económica luego de que el principal accionista, Nicolás Ibáñez, decidiera dejar de prestar apoyo al club y solicitara la devolución de mil millones de pesos.
