En el Clausura 2004, Fernández fue gran pieza clave en el equipo de Ricardo Dabrowski. Matías jugó 1.465 minutos en 21 encuentros y fue el máximo artillero del equipo colocolino dirigido por Ricardo Dabrowski. Pero esto sirvió para que Matías destacara en el campeonato, replicas camisetas futbol convirtiendo su primer gol el 8 de agosto frente a Cobresal. Colo-Colo tuvo un plantel sin estrellas, ya que muchos jugadores de la anterior formación, como Juan Pablo Úbeda y Manuel Neira, entre otros, se fueron a otros clubes y el capitán, Marcelo Espina, equipacion japon se retiró.
