En 1944 participó por segunda vez del certamen y se consagró campeón de la Copa de la República 1944. Con este logro se convirtió en el primer club campeón de un campeonato de primera división, proveniente del interior en la era profesional. En 1943 participó por primera vez en una competencia de Primera División, la Copa de la República 1943, haciendo una campaña verdaderamente meritoria al derrotar a Independiente en cuartos de final por 2 a 0. San Martín llegaría a semifinales, consiguiendo el podio en su primera participación de alcance nacional.
